Doanh nghiệp chế xuất được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh hoặc Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền
Trường hợp doanh nghiệp chế xuất đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chấm dứt hoạt động dự án đầu tư, chưa được xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan đối với doanh nghiệp chế xuất thì không được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan. Quan hệ mua, bán hàng hóa, dịch vụ giữa doanh nghiệp với các nhà cung cấp trong nội địa khác được xác định theo quan hệ mua bán giữa các doanh nghiệp trong nội địa Việt Nam, nhà cung cấp trong nội địa thực hiện điều chỉnh, thay thế hóa đơn điện tử đã lập trước đây theo quy định